Su trayectoria deportiva comienza en la cantera de Maristas de Pamplona donde jugó en su equipo de liga EBA hasta que pasó a formar parte de la cantera del CB León en la temporada 2006/2007. Después pasa al Habitacle Badajoz y la última temporada la disputa en el Gandía Basquet de liga EBA, donde logra el ascenso a LEB Plata, eliminando entre otros al Tenerife Baloncesto.

Según declaraciones que Baquer hizo en una entrevista a un medio navarro, el Baloncesto Torrelodones “es un equipo que me asombró por lo bien estructurado y por su seriedad y compromiso. Quieren crecer, han sentado bases para ello y hay unos mimbres muy buenos. Espero corresponderles con un ansiado ascenso con mi experiencia”.